Родившись в Нью-Йорке в интеллигентной еврейской семье, Зорн с раннего детства учился игре на фортепиано, гитаре и флейте, а к 15 годам уже сочинял собственные неоклассические композиции. Затем следует увлечение альт-саксофоном и авангардным джазом, и с конца 70-х его записи прочно ассоциируются с импровизацией, непредсказуемыми всхлипами и завываниями. Интересуясь музыкой к фильмам, Джон записывает многочисленные саундтреки как к реальным, так и к вымышленным лентам. Стоит здесь упомянуть и альбом 1986 года «The Big Gundown», фривольно интерпретировавший киномелодии Эннио Морриконе и немало впечатливший самого великого итальянца.
Подобный же прием применен Зорном при записи диска «Spy vs Spy» (1989), только на сей раз фри-джаз одного из его кумиров, Орнетта Коулмена, препарирован на стыке гитарного хардкора и самых быстрых разновидностей nu-metal. В этот же период образуется группа Naked City, игравшая экстремальную музыку в подобном ключе.
В 90-е годы Зорн обращается к своим корням, основывает знаменитый лейбл «Tzadik», пропагандирующий «радикальную еврейскую культуру», и создает акустический квартет Masada, играющий фри-джаз, но на основе традиционной еврейской музыки. В Москву приезжает его расширенная электрическая версия – Electric Masada, в том числе многие знаменитые нью-йоркцы: Марк Рибо, Джои Бэйрон, Джеми Зафт.